La Embajada está compuesta por tres secciones: La sección diplomática, responsable de las relaciones bilaterales entre Suiza y Colombia en el marco político, económico y cultural.
Hace parte de esta sección la oficina encargada del tema de los derechos humanos y de la cooperación en materia de paz y seguridad humana. La sección consular que se ocupa de los servicios para los suizos en el extranjero y todo lo que está relacionado con los requisitos para entrar a Suiza.
Incorporada a las instalaciones de la Embajada funciona la oficina de la Agencia Suiza para el Desarrollo y la Cooperación (COSUDE). Así se busca sinergia entre las actividades de la Embajada y el programa de ayuda humanitaria COSUDE, en primer lugar para las poblaciones en situación de desplazamiento.
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